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Secuenciación de ARN no codificante (ncRNA-seq)
Los ARN no codificantes son aquellos que no se traducen a proteínas, los más frecuentes son los ARN transferentes y ribosómicos, sin embargo, existen multitud de otros tipos que tienen importantísimas funciones en la regulación génica. Y lo que es mejor aún, quedan muchos por descubrir, es precisamente gracias a las técnicas de secuenciación masiva y a la bioinformática que se intuye el enorme alcance que tienen estas moléculas en la vida de la célula, comprobándose su alteración en enfermedades como el cáncer o el Alzheimer.
Existen distintas estrategias de secuenciación en función del tipo de molécula.
Secuenciación de ARN largo no codificante (lncRNA-seq)
Estos ARN tienen un tamaño por encima de los 200 nucleótidos, que si bien no codifican para ninguna cadena polipeptídica tiene importantes funciones reguladoras. Mediante una preparación de librarías dirigida se puede enriquecer la obtención de información génica y los perfiles de expresión tanto de los ARN codificantes como no codificantes, lo que permite su posterior cuantificación y enriquecimiento funcional de las dianas de los transcritos, a la vez que se indica la orientación de la cadena y la relación regulatoria entre los lncRNA y sus dianas.
La secuenciación de estos ARN largos no codificantes tiene varias aplicaciones
- Cuantificación de la expresión de estos lncRNA
- Localización subcelular de estos lncARN
- Verificación de la función, ya sea silenciamiento o sobre-expresión
- Interacción con proteínas
Secuenciación de ARN de pequeño tamaño (sRNA-seq)
Estos pequeños (18-40 nt) transcritos se han visto que tienen grandes implicaciones en procesos de silenciamiento génico y regulación prostransctipcional, tan utilizada en ingeniería genética para controlar la expresión génica.
La secuenciación y el posterior análisis de estos ARN de pequeño tamaño permite la identificación de sus patrones de expresión diferencial, alteraciones estructurales y el descubrimiento de nuevos ARNs.
La secuenciación de estos pequeños ARN tiene. distintas aplicaciones
- Cuantifiación de la expresión de los pequeños transcritos
- Verificación de la función, como procesos de silenciamiento o sobre-expresión
- Verificación de la diana génica de un miRNA
- Verificación de la diana génica de un piRNA
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